Οι αξιακές αρχές της ορθόδοξης εκκλησίας και η συμμετοχή της σε κάθε εθνικό αγώνα, τον οδηγούν στην αποδοχή της Εκκλησίας σε ουσιαστικό κρίκο της κοινωνικής αλυσίδας. «Αν η πολιτική δεν μπορεί να εκπέμψει ήθος, ενώ θα έπρεπε, ας το κάνει η Εκκλησία και μόνο για αυτό αξίζει να έχει σημαντικό ρόλο». Μια πιθανή πρόταση για διαχωρισμό Κράτους-Εκκλησίας πιθανότατα θα βρει τον Μαρκόπουλο στους υπερασπιστές του προωθημένου ρόλου της Εκκλησίας μας στα ζητήματα των θρησκειών. Άλλο ανεξιθρησκία, άλλο η θέση, η ιστορία και ο διαχρονικός ρόλος της ελληνικής εκκλησίας.
